相传，当年建贝子庙时，还有着一段动人的传说，贝子旗王爷巴拉吉尔道尔吉在选贝子庙地址时同活佛巴拉基尔道尔吉看到四周水草丰美的草原，一时竟不知把庙址选在何处。于是，贝子王爷率众人在西、南、东方向的宝勒根山，热宝拉格尔山，格义阿木山选找庙址，但都不理想。最后当众人疲惫不堪地来到北面的额尔敦山时，突然发现在绿茵茵的草丛中盛开着一朵朵黄色的小花，这时，大家禁下住欢呼雀跃起来。因为黄花象征着吉祥，这里的喇嘛又信奉的是黄教，真可谓天地人和就这样，庙址选在了额尔敦山下。额尔敦山也因贝子庙建脚下的缘故，成了牧人们朝拜的圣洁的圣。贝子王爷在1753年又把这里的敖包扩大成十三个，并定为旗敖包。