蒙元文化博物馆是蒙元文化苑的核心建筑，占地2万平方米，包括文物馆、民俗文化馆、马文化博物馆、搏克文化博物馆和蒙元文化研究中心。目前，蒙元文化博物馆内藏有蒙元时期印章、符牌、服饰、金银器、石雕、陶瓷、绘画、兵器、建筑构件等7000多(组)件，大德二年的火炮把世界火炮史提前了34年，证实了中国不仅是最先发明了火药，也是最早制造火炮的国家；世界上唯一刻有铁木真名讳的玉樽是镇馆之宝。目前世界上仅存几只的中华民族陶瓷瑰宝中佼佼者的元立粉堆金高足杯等，涵盖了蒙元时期政治、经济、文化、军事和科技等诸多领域。尤其是蒙元时期的纳石失织金锦和各类丝、毛织品藏品丰富了我国馆藏服饰纺织品的种类，填补了部分历史时期服饰纺织品收藏的空白。蒙元时期无论是中国历史上还是在世界史上都占有非常重要的地位，而在中国馆藏文物中，蒙元时期的文物数量较少。蒙元文化博物馆以其独特和极具价值的藏品，极大地丰富了我国蒙元时期的历史文物收藏。